رئیس پژوهشگاه هوافضا با اشاره به لزوم برخوردان بودن پژوهشگاه‌ها از هیئت امنای مستقل، اعطای اختیارات بیشتر به مراکز آموزشی و پژوهشی را لازمه اجرای بهتر دستورالعمل‌های بالادستی دانست. فتح‌الله امی دراین‌باره گفت: «درحال‌حاضر تشکیلات پژوهشگاه‌ها بدون تحرک و قدیمی است و بخش اداری ما نمی‌تواند تحولی را به‌منظور حرکت به‌سمت دانشگاه نسل ۴ ایجاد کند.» وی در سخنانی ضمن پرداختن به بحث استقلال دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌ها افزود: «البته با تشکیل هیئت امنا این اختیارات افزایش پیدا کرده است.»
امی با بیان اینکه دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌ها عقل منفصل جامعه و عقل متصل دولت هستند، اظهار داشت: «در مورد پژوهشگاه‌ها مهم‌ترین مسئله ماموریت‌گرا کردن آن‌ها است.» وی اجرای سند هوا و فضا که مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی است و همچنین ابرپروژه اعزام انسان به مدار زمین را از جمله ماموریت‌های پژوهشگاه هوافضا برشمرد.