در سال ۱۹۵۹ و در میانه‌ی کش‌مکش‌های فضایی آمریکا و روسیه٬ اسکات کارپنتر به عنوان یکی از اعضای گروه هفت نفره‌ی مأموریت مرکوری انتخاب شد و نقش خلبان پشتیبان جان گلن در نخستین مأموریت سرنشین‌دار مداری را به عهده داشت. در واقع او رابط میان گلن و کنترل پرواز مأموریت بود. هنگامی که موشک «دوستی ۷» حامل گلن از زمین به سوی فضا پرتاب شد٬ کارپنتر خطاب به گلن گفت: « به امید خدا٬ جان‌گلن»
بعدها پس از نخستین مأموریت سفر به دور زمین٬ سرانجام نوبت به خود کارپنتر رسید تا نام خود را به عنوان دومین آمریکایی مسافر مدار زمین به ثبت برساند. به این ترتیب وی در ۲۴ مه ۱۹۶۲ خلبان فضاپیمای آرورا ۷ شد و در مدت تقریباً ۵ ساعت ۳ بار به‌دور زمین گردید و در نهایت روی اقیانوس آرام در نزدیکی پورتوریکو فرود آمد.
.jpg)
البته بازگشت کارپنتر به این آسانی‌ها هم نبود. او حدود ۴۰۰ کیلومتر دورتر از جایی که در نظر گرفته شده بود فرود آمد. بر اساس گزارشی از نیویورک تایمز٬ به مدت یک ساعت٬ اتاق کنترل چندان مطمئن نبود که کارپنتر بتواند از چنین فرودی جان سالم به‌در ببرد.
اما سرانجام٬ کارپنتر توانست نجات پبدا کند و پس از آن دیگر هیچ‌گاه به فضا برنگشت. او تحقیقات خودش را این بار به جای رفتن به فضا٬ در اعماق دریاها از سر گرفت و در سال ۱۹۶۵ طی پروژه‌ی تحقیقاتی SEALAB II متعلق به نیروی دریایی آمریکا٬ حدود ۳۰ روز را در کف اقیانوس به سر برد.
پس از بازنشستگی٬ تجارتی علمی متمرکز بر منابع اقیانوس به راه انداخت که در این میان با کاوش‌گر مشهور فرانسوی٬ ژاک کوستو همکاری کرد. کارپنتر همچنین به عنوان سخن‌گو در چندین شرکت فعالیت می‌کرد و دو رمان هم نوشته است.
