حفاری‌هایی که برای اکتشافات علمی روی یخ‌های ماه انجام می‌شوند، می‌توانند به محیط آن آسیب برسانند. کارشناسان این ایده را مطرح کرده‌اند که شاید بتوان یخ‌های روی قطب‌های ماه را برای تأمین آب آشامیدنی برداشت کرد، اما مقامات ناسا معتقدند چنین ایده‌ای ممکن است از نظر علمی خطرناک باشد؛ زیرا برداشت برخی از این یخ‌ها خطر آلودگی بقیه آن‌ها را به‌همراه دارد.
ناسا اخیراً دستورالعمل‌های جدیدی را برای محافظت از همه مکان‌هایی که طی مأموریت‌های سرنشین‌دار یا رباتیک جستجو می‌شوند، منتشر کرده است. بر اساس این دستورالعمل‌ها مناطق یخی قطبی از نظر علمی دارای ارزش فوق‌العاده‌ای هستند و باید از آن‌ها محافظت شود.
این دستورالعمل‌ها تنها در مورد فعالیت‌های ناسا اعمال می‌شوند؛ در نتیجه شاید دیگر آژانس‌های فضایی یا شرکت‌های خصوصی مانند اسپیس‌ایکس (SpaceX) هنوز هم بخواهند به حفاری روی یخ‌های ماه بپردازند. اما انجام چنین فعالیت‌هایی می‌تواند فرصت‌های مهمی را برای پرده‌برداری از گذشته اسرارآمیز قمر زمین و کشف نشانه‌های احتمالی حیات از بین ببرد.
پاول لوسی (Paul Lucey)، دانشمند دانشگاه هاوایی در مانوا (University of Hawaii at Manoa) آمریکا، می‌گوید: «برخی از بخش‌های ماه بسیار آسیب‌پذیر هستند. فعالیت گسترده انسانی ممکن است این محیط‌ها را به‌طور پیوسته تغییر داده و منجر به از بین رفتن شرایط برای کسب اطلاعات علمی در آینده شود.»